Jame sukaupti 2410 fondų, kuriuos sudaro daugiau kaip 1 300 000 apskaitos vienetų, užimančių daugiau kaip 10 000 tiesinių metrų dokumentų lentynų. Čia sukaupti kelių istorinių laikotarpių dokumentai. Seniausi archyve - Pažaislio vienuolyno dokumentai siekiantys XVII a., tačiau dauguma saugomų dokumentų yra vėlesnio laikotarpio. Pagrindinis Archyvo veiklos tikslas – atlikti viešąjį administravimą,
susijusį su archyvų ir dokumentų valstybinio valdymo sritimi. Archyvas atlieka visą eilę funkcijų, iš kurių paminėtinos:
• kaupia, saugo, tiria ir populiarina priskirtos Nacionalinio dokumentų fondo dalies dokumentus;
• užtikrina visuomenės priėjimą prie saugomų dokumentų;
• prižiūri, kaip įgyvendinami teisės aktuose nustatyti dokumentų ir archyvų valdymo ir naudojimo reikalavimai;
• teikia asmenims susipažinti saugomus dokumentus skaitykloje;
• saugomų dokumentų pagrindu išduoda pažymas, patvirtintas dokumentų kopijas, išrašus asmenų prašymuose nurodytiems juridiniams faktams patvirtinti;
• kaupia informaciją apie Lietuvai reikšmingą dokumentinį paveldą, esantį užsienio šalyse ir etc. Rusijos imperijos įstaigų dokumentų kompleksą (XIX a. – XX a.) sudaro Kauno gubernijos teritorijoje (tuometinėse Kauno, Panevėžio, Raseinių, Šiaulių, Telšių, Ukmergės ir Zarasų apskrityse) veikusių carinės Rusijos įstaigų fondai. Tai Kauno civilinio gubernatoriaus kanceliarijos, Kauno gubernijos valdybos ir jos skyrių, Kauno gubernijos braižyklos, Kauno gubernijos valstybės turtų valdybos, gubernijos bei apskričių teismų, žemėtvarkos, karo prievolės komisijų, Kauno gubernijos valstiečių reikalų komisijos, Kauno gubernijos draugijų veiklos komisijos, Kauno miesto dūmos ir valdybos, miestiečių, amatų ir valsčių valdybų, apskričių policijos įstaigų ir kt. Lietuvos Respublikos (1919 – 1940 m.) bei vokiečių okupacijos (1941 – 1944 m.) laikotarpio dokumentų kompleksą sudaro Kauno mieste bei tuometinėje Kauno apskrityje veikusių vietos savivaldos institucijų, švietimo, gydymo įstaigų, privačių įmonių dokumentai - Kauno miesto ir apskrities savivaldybių, Kauno miesto savivaldybės butų, finansų, pasų, statybos, socialinės apsaugos, sveikatos, švietimo, tiekimo, turtų, ūkio, vandentiekio – kanalizacijos skyrių, Kauno miesto ir apskrities mokesčių inspekcijų, Kauno pradžios mokyklų inspektoriaus, Kaune veikusių valstybinių bei kai kurių privačių gimnazijų, gydymo įstaigų, Kauno pramonės bei prekybos įmonių ir kt.
